บัญชีภาษีธุรกิจนำเข้าส่งออกและการค้าระหว่างประเทศ ต้องรู้อะไรบ้าง

ก่อนสินค้าจะผ่านพิธีการส่งออก ผู้ส่งออกต้องยื่นใบขนสินค้าขาออกทางระบบอิเล็กทรอนิกส์ของกรมศุลกากร พร้อมแนบใบกำกับสินค้า บัญชีราคาสินค้า รายการบรรจุหีบห่อ และใบอนุญาตเฉพาะกรณีสินค้าควบคุม เอกสารเหล่านี้ต้องระบุรายละเอียดสินค้า ปริมาณ และมูลค่าให้ตรงกับความเป็นจริงของการส่งออกครั้งนั้น เนื่องจากถูกใช้เป็นฐานทั้งในการจัดพิกัดศุลกากรและอ้างอิงมูลค่าทางภาษีมูลค่าเพิ่ม กิจการควรเก็บรักษาสำเนาใบขนที่ผ่านพิธีการแล้วคู่กับหลักฐานรับชำระเงินจากต่างประเทศไว้ไม่น้อยกว่าห้าปีสำหรับรองรับการตรวจสอบจากทั้งกรมศุลกากรและกรมสรรพากร เพราะหากเอกสารชุดใดขาดหายไป อาจทำให้พิสูจน์สิทธิใช้ VAT อัตราศูนย์ไม่ได้ แม้สินค้าจะถูกส่งออกไปจริงก็ตาม

การส่งออกสินค้าออกนอกราชอาณาจักรโดยผู้ประกอบการจดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่มได้รับสิทธิเสียภาษีมูลค่าเพิ่มในอัตราร้อยละศูนย์ แต่สิทธิดังกล่าวไม่ได้เกิดขึ้นอัตโนมัติเพียงเพราะมีใบกำกับภาษีระบุยอดขายต่างประเทศ ผู้ส่งออกต้องมีใบขนสินค้าขาออกที่ผ่านพิธีการศุลกากรจริงพร้อมหลักฐานการรับชำระเงินจากต่างประเทศผ่านธนาคารเพื่อยืนยันว่าสินค้าออกนอกประเทศจริงและมีการรับเงินตามธุรกรรมนั้น หากไม่มีใบขนสินค้าที่ตรงกับใบกำกับภาษีตัวใดตัวหนึ่ง เจ้าพนักงานอาจปฏิเสธสิทธิอัตราศูนย์และประเมินให้เสียภาษีมูลค่าเพิ่มในอัตราร้อยละเจ็ดตามยอดขายนั้นแทน พร้อมเบี้ยปรับและเงินเพิ่ม ผู้ส่งออกจึงควรทำระบบกระทบยอดระหว่างใบกำกับภาษีขายกับใบขนสินค้าทุกเดือนก่อนยื่นแบบภาษีมูลค่าเพิ่ม

เมื่อนำเข้าสินค้า ผู้นำเข้าต้องชำระภาษีมูลค่าเพิ่มให้กรมศุลกากรพร้อมกับอากรขาเข้าตั้งแต่ขั้นตอนผ่านพิธีการ โดยกรมศุลกากรจะออกใบเสร็จรับเงินระบุยอดภาษีมูลค่าเพิ่มที่ชำระไว้ชัดเจน ผู้นำเข้าที่จดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่มสามารถนำใบเสร็จรับเงินนี้ไปใช้เป็นภาษีซื้อเพื่อเครดิตหักออกจากภาษีขายในเดือนภาษีที่ชำระได้ โดยไม่ต้องรอใบกำกับภาษีจากผู้ขายต่างประเทศเพราะผู้ขายต่างประเทศไม่มีหน้าที่ออกใบกำกับภาษีไทย ใบเสร็จศุลกากรจึงทำหน้าที่แทนใบกำกับภาษีซื้อสำหรับธุรกรรมนำเข้า ผู้นำเข้าต้องเก็บใบเสร็จนี้คู่กับใบขนสินค้าขาเข้าที่ตรงกันไว้เป็นชุดเดียวกันเพื่อรองรับการตรวจสอบ หากใบเสร็จสูญหายต้องขอคัดสำเนาจากกรมศุลกากรก่อนนำไปใช้เครดิตภาษี

ต้นทุนนำเข้าสินค้าที่ต้องบันทึกในบัญชีประกอบด้วยราคาสินค้าตามใบกำกับสินค้า ค่าขนส่งระหว่างประเทศ ค่าประกันภัยสินค้า อากรขาเข้า และค่าใช้จ่ายอื่นที่เกี่ยวข้องโดยตรงกับการนำสินค้าเข้ามาถึงคลังสินค้า เช่น ค่าธรรมเนียมท่าเรือและค่าตัวแทนออกของ ส่วนภาษีมูลค่าเพิ่มขาเข้าไม่ถือเป็นต้นทุนสินค้าเพราะสามารถนำไปเครดิตภาษีซื้อได้ สำหรับธุรกรรมที่เป็นเงินตราต่างประเทศ ต้องแปลงค่าเป็นเงินบาทด้วยอัตราแลกเปลี่ยนอ้างอิงตามประกาศธนาคารแห่งประเทศไทย ณ วันที่เกิดรายการหรือวันที่ตามใบขนสินค้าซึ่งกรมศุลกากรใช้คำนวณอากร ผลต่างจากอัตราแลกเปลี่ยนที่เกิดขึ้นภายหลังเมื่อชำระเงินจริงให้บันทึกเป็นกำไรหรือขาดทุนจากอัตราแลกเปลี่ยนแยกต่างหากจากต้นทุนสินค้า

สินค้าคงเหลือที่เป็นสินค้านำเข้าต้องตีราคาตามวิธีที่กฎหมายกำหนด คือราคาทุนหรือราคาตลาดแล้วแต่ราคาใดต่ำกว่า โดยราคาทุนของสินค้านำเข้าต้องรวมต้นทุนนำเข้าทั้งหมดตามที่กล่าวข้างต้น ไม่ใช่เพียงราคาหน้าใบกำกับสินค้าจากผู้ขายต่างประเทศ กิจการต้องเลือกวิธีคำนวณต้นทุนสินค้าคงเหลือวิธีใดวิธีหนึ่ง เช่น เข้าก่อนออกก่อนหรือถัวเฉลี่ยถ่วงน้ำหนัก และใช้วิธีนั้นอย่างสม่ำเสมอทุกรอบบัญชี การเปลี่ยนวิธีโดยไม่มีเหตุผลอันสมควรอาจถูกตั้งข้อสงสัยจากผู้สอบบัญชีและกรมสรรพากร นอกจากนี้ต้องจัดให้มีการตรวจนับสินค้าคงเหลือจริงอย่างน้อยปีละครั้งก่อนปิดงบการเงิน และกระทบยอดกับบัญชีสินค้าคงเหลือในระบบเพื่อพิสูจน์ว่าไม่มีสินค้าสูญหายที่ยังไม่ได้บันทึกตัดจำหน่าย

ธุรกิจส่งออกที่ขายในอัตราภาษีมูลค่าเพิ่มร้อยละศูนย์มักมีภาษีซื้อสะสมมากกว่าภาษีขายเพราะไม่มีภาษีขายมาหักกลบ ผู้ประกอบการมีสิทธิเลือกขอคืนภาษีมูลค่าเพิ่มเป็นเงินสดหรือนำไปเครดิตในเดือนถัดไปก็ได้ตามความเหมาะสมทางกระแสเงินสด หากเลือกขอคืนเป็นเงินสดต้องยื่นคำร้องพร้อมแบบ ภ.พ.30 และแนบเอกสารประกอบภาษีซื้อทั้งหมด รวมถึงใบขนสินค้าขาออกที่ยืนยันยอดขายอัตราศูนย์ เจ้าพนักงานมีสิทธิเรียกตรวจสอบเอกสารเพิ่มเติมก่อนอนุมัติคืนเงินโดยเฉพาะผู้ประกอบการรายใหม่หรือรายที่ขอคืนเป็นจำนวนมากผิดปกติ ระยะเวลาการคืนเงินจึงอาจใช้เวลานานกว่าสามเดือนหากมีการตรวจสอบเชิงลึก ผู้ประกอบการควรจัดเตรียมเอกสารให้ครบและตรงกันทุกจุดตั้งแต่ต้นเพื่อลดความเสี่ยงถูกเรียกตรวจเพิ่ม

ตัวแทนออกของทำหน้าที่ยื่นใบขนสินค้าและดำเนินพิธีการศุลกากรแทนผู้นำเข้าหรือผู้ส่งออกตามที่ได้รับมอบอำนาจ แต่ตามกฎหมายศุลกากรผู้นำเข้าหรือผู้ส่งออกซึ่งเป็นเจ้าของสินค้ายังคงเป็นผู้รับผิดชอบหลักต่อความถูกต้องของพิกัดอัตราศุลกากร ราคาศุลกากร และเอกสารที่ยื่น แม้จะมอบหมายให้ตัวแทนออกของเป็นผู้ดำเนินการก็ตาม หากภายหลังตรวจพบว่าพิกัดหรือราคาที่สำแดงไม่ถูกต้องจนทำให้ชำระอากรและภาษีมูลค่าเพิ่มขาดไป กรมศุลกากรมีสิทธิเรียกเก็บภาษีอากรที่ขาดพร้อมเงินเพิ่มจากเจ้าของสินค้าโดยตรง ส่วนตัวแทนออกของอาจร่วมรับผิดได้เฉพาะกรณีที่พิสูจน์ได้ว่าจงใจหรือประมาทเลินเล่ออย่างร้ายแรง ผู้ประกอบการจึงควรตรวจสอบใบขนสินค้าที่ตัวแทนยื่นทุกครั้งก่อนสรุปเป็นทางการ ไม่ควรปล่อยให้ตัวแทนดำเนินการโดยไม่มีการทวนสอบ

เมื่อไทยเป็นภาคีของความตกลงการค้าเสรีฉบับใดฉบับหนึ่ง สินค้าที่มีถิ่นกำเนิดตรงตามกฎว่าด้วยถิ่นกำเนิดของความตกลงนั้นจะได้อัตราอากรขาเข้าพิเศษที่ต่ำกว่าปกติ หรืออาจได้รับการยกเว้นอากรไปเลย แต่การใช้สิทธินี้ต้องแนบหนังสือรับรองถิ่นกำเนิดสินค้าซึ่งออกโดยหน่วยงานที่ประเทศต้นทางมอบหมาย เช่น กระทรวงพาณิชย์หรือหอการค้าของประเทศนั้น และต้องยื่นพร้อมใบขนสินค้าขาเข้าตั้งแต่วันนำเข้าหรือภายในกรอบเวลาที่ความตกลงกำหนดไว้ สินค้าที่ประกอบขึ้นจากชิ้นส่วนนำเข้าหลายแหล่งต้องตรวจสอบว่าสัดส่วนวัตถุดิบในประเทศหรือขั้นตอนการผลิตที่เกิดในประเทศต้นทางนั้นเข้าเกณฑ์กฎถิ่นกำเนิดหรือไม่ หากอ้างสิทธิทั้งที่ไม่มีคุณสมบัติจริงและถูกตรวจพบภายหลัง กรมศุลกากรมีอำนาจเรียกเก็บอากรส่วนต่างย้อนหลังพร้อมเงินเพิ่ม และอาจดำเนินคดีข้อหาสำแดงเท็จเพิ่มเติมด้วย

มูลค่าศุลกากรที่ใช้คำนวณอากรขาเข้าและภาษีมูลค่าเพิ่มขาเข้าโดยทั่วไปใช้ราคาซีไอเอฟซึ่งรวมค่าสินค้า ค่าขนส่งระหว่างประเทศ และค่าประกันภัยจนถึงท่าเรือหรือด่านนำเข้าปลายทาง ดังนั้นแม้สัญญาซื้อขายจะตกลงราคาแบบเอฟโอบีซึ่งไม่รวมค่าขนส่งและประกันภัย ผู้นำเข้าก็ยังต้องนำค่าขนส่งและค่าประกันภัยจริงมาบวกเพิ่มเพื่อคำนวณฐานภาษีศุลกากรให้ครบตามหลักเกณฑ์ หากไม่มีค่าประกันภัยจริงเพราะไม่ได้ทำประกัน กรมศุลกากรอาจใช้อัตราสมมติตามหลักเกณฑ์ที่กำหนดแทน ผู้นำเข้าจึงควรเก็บใบแจ้งหนี้ค่าขนส่งและกรมธรรม์ประกันภัยที่แยกรายการชัดเจนไว้ประกอบการสำแดงราคา เพื่อป้องกันการถูกประเมินโดยใช้อัตราสมมติที่อาจสูงกว่าค่าใช้จ่ายจริง

จุดที่กรมศุลกากรและกรมสรรพากรมักหยิบขึ้นมาตรวจสอบธุรกิจนำเข้าส่งออกย้อนหลังบ่อยที่สุด ได้แก่ ยอดขายในบัญชีที่ไม่ตรงกับยอดในใบขนสินค้าขาออก การอ้างสิทธิ VAT อัตราศูนย์โดยไม่มีเอกสารสนับสนุนครบถ้วน การสำแดงราคาศุลกากรต่ำกว่าราคาซื้อขายจริงเพื่อลดอากรขาเข้า และการใช้สิทธิพิเศษตามความตกลงการค้าเสรีทั้งที่สินค้าไม่เข้าเกณฑ์ถิ่นกำเนิดจริง นอกจากนี้ ราคาที่ทำธุรกรรมกับบริษัทในเครือข้ามประเทศซึ่งเบี่ยงเบนไปจากราคาตลาดก็เป็นอีกประเด็นที่ถูกจับตา ธุรกิจจึงควรวางระบบกระทบยอดระหว่างเอกสารศุลกากร บัญชีขาย และรายงานภาษีมูลค่าเพิ่มอย่างสม่ำเสมอ พร้อมทบทวนราคาที่ทำธุรกรรมกับบริษัทในเครือให้สอดคล้องกับหลักราคาตลาดเพื่อลดความเสี่ยงถูกประเมินภาษีย้อนหลัง

บริการที่ให้ในประเทศไทยแก่ผู้รับบริการซึ่งอยู่ต่างประเทศ และผลประโยชน์จากบริการนั้นเกิดขึ้นทั้งหมดนอกราชอาณาจักร มีสิทธิได้รับ VAT อัตราศูนย์ในทำนองเดียวกับการส่งออกสินค้า แต่เงื่อนไขที่ขาดไม่ได้คือประโยชน์จากบริการต้องเกิดขึ้นนอกประเทศไทยทั้งหมด หากมีส่วนหนึ่งของประโยชน์นั้นเกิดขึ้นในไทยด้วย เช่น บริการที่เกี่ยวโยงกับทรัพย์สินซึ่งตั้งอยู่ในไทย ก็อาจทำให้ไม่เข้าเกณฑ์อัตราศูนย์เต็มจำนวน ผู้ให้บริการควรมีสัญญาว่าจ้างและหลักฐานรับเงินจากต่างประเทศผ่านธนาคารไว้ยืนยันสิทธินี้ เช่นเดียวกับกรณีส่งออกสินค้าที่ต้องมีหลักฐานรองรับ ธุรกิจที่ให้บริการทั้งลูกค้าในและนอกประเทศพร้อมกันควรแยกสัญญาและใบแจ้งหนี้ตามลักษณะการใช้ประโยชน์ให้ชัดเจน เพื่อไม่ให้รายได้ทั้งหมดถูกตีความว่าต้องเสีย VAT ในอัตราปกติ

สินค้าที่นำเข้ามาชั่วคราวเพื่อวัตถุประสงค์เฉพาะ เช่น ซ่อมแซม แปรรูปแล้วส่งกลับ หรือจัดแสดงในนิทรรศการ สามารถขอใช้สิทธิยกเว้นอากรขาเข้าและภาษีมูลค่าเพิ่มได้ภายใต้ระบบนำเข้าชั่วคราวหากปฏิบัติตามเงื่อนไขของกรมศุลกากรอย่างครบถ้วน เช่น วางหลักประกันตามที่กำหนด ระบุวัตถุประสงค์และระยะเวลาที่จะส่งกลับให้ชัดเจนในใบขนสินค้า และส่งสินค้ากลับออกนอกประเทศภายในกำหนดเวลาที่ได้รับอนุมัติ หากไม่สามารถส่งสินค้ากลับได้ตามกำหนดหรือนำไปใช้ประโยชน์อื่นนอกวัตถุประสงค์ที่แจ้งไว้ กรมศุลกากรมีสิทธิริบหลักประกันและเรียกเก็บอากรกับภาษีมูลค่าเพิ่มเสมือนเป็นการนำเข้าเพื่อใช้ในประเทศตามปกติ ธุรกิจที่ใช้สิทธินี้บ่อยจึงควรมีระบบติดตามกำหนดส่งกลับของสินค้าแต่ละรายการอย่างใกล้ชิด

ค่าบริการที่จ่ายให้บริษัทตัวแทนขนส่งหรือตัวแทนออกของในประเทศไทยถือเป็นค่าบริการทั่วไปที่ผู้ว่าจ้างซึ่งเป็นนิติบุคคลมีหน้าที่หักภาษี ณ ที่จ่ายในอัตราร้อยละสามตามมาตรา 3 เตรส เมื่อจ่ายให้ผู้รับที่เป็นนิติบุคคลหรือบุคคลธรรมดาในประเทศไทย แต่หากค่าบริการนั้นเป็นค่าระวางขนส่งระหว่างประเทศที่จ่ายให้สายเรือหรือสายการบินโดยตรงซึ่งเข้าเงื่อนไขการขนส่งระหว่างประเทศตามกฎหมาย อาจได้รับยกเว้นไม่ต้องหักภาษี ณ ที่จ่ายตามหลักเกณฑ์เฉพาะที่กรมสรรพากรกำหนดไว้สำหรับกิจการขนส่งระหว่างประเทศ ผู้ประกอบการจึงควรแยกแยะให้ชัดว่าค่าใช้จ่ายรายการใดเป็นค่าบริการของตัวแทนในประเทศที่ต้องหักภาษี และรายการใดเป็นค่าระวางขนส่งระหว่างประเทศที่อาจเข้าข้อยกเว้น เพื่อหักภาษี ณ ที่จ่ายให้ถูกต้องครบถ้วน

การเปิดเลตเตอร์ออฟเครดิตกับธนาคารเพื่อชำระค่าสินค้านำเข้าไม่ถือเป็นการจ่ายเงินจริงในทันที แต่เป็นเพียงการให้ธนาคารค้ำประกันการชำระเงินแก่ผู้ขายต่างประเทศเมื่อเงื่อนไขในเอกสารครบถ้วน กิจการจึงยังไม่บันทึกรายจ่ายหรือลดเงินสดในขั้นตอนเปิดแอลซี แต่จะบันทึกหนี้สินและทรัพย์สินระหว่างทางเมื่อได้รับเอกสารกรรมสิทธิ์สินค้าและธนาคารหักบัญชีจริงตามงวดที่ตกลงไว้ ผลต่างจากอัตราแลกเปลี่ยนระหว่างวันที่บันทึกหนี้สินตามใบขนสินค้ากับวันที่ธนาคารตัดบัญชีจริงต้องรับรู้เป็นกำไรหรือขาดทุนจากอัตราแลกเปลี่ยนแยกต่างหาก นอกจากนี้ค่าธรรมเนียมเปิดแอลซีและดอกเบี้ยส่วนต่างที่ธนาคารเรียกเก็บถือเป็นค่าใช้จ่ายทางการเงินของกิจการ ไม่ใช่ต้นทุนสินค้า ควรบันทึกแยกบัญชีให้ชัดเจนเพื่อไม่ให้ต้นทุนสินค้าคงเหลือสูงเกินจริง

สินค้าที่รับมาจากผู้ขายต่างประเทศในลักษณะฝากขายซึ่งกรรมสิทธิ์ยังไม่โอนจนกว่าจะขายออกไปยังผู้ซื้อในไทย ยังคงต้องผ่านพิธีการนำเข้าตามปกติและชำระภาษีมูลค่าเพิ่มขาเข้าตั้งแต่วันนำเข้าตามหลักทั่วไป เพราะภาษีมูลค่าเพิ่มขาเข้าอิงกับการนำสินค้าข้ามพรมแดนเข้าประเทศ ไม่ได้อิงกับจุดที่กรรมสิทธิ์โอนตามสัญญาซื้อขาย ผู้รับฝากขายในไทยจึงต้องชำระภาษีมูลค่าเพิ่มขาเข้าล่วงหน้าก่อนแม้ยังไม่มีรายได้จากการขายจริง แล้วจึงนำภาษีมูลค่าเพิ่มขาเข้านั้นมาเครดิตเป็นภาษีซื้อได้ตามปกติ เมื่อขายสินค้าฝากขายออกไปให้ผู้ซื้อในไทยได้จริง จึงเกิดภาระภาษีมูลค่าเพิ่มขายและภาษีเงินได้จากรายได้ค่านายหน้าหรือส่วนต่างราคาตามลักษณะสัญญาฝากขายที่ทำไว้กับเจ้าของสินค้าต่างประเทศ

ผู้ประกอบการที่นำเข้าวัตถุดิบมาผลิตหรือประกอบเป็นสินค้าแล้วส่งออกภายในระยะเวลาที่กฎหมายกำหนดมีสิทธิขอคืนอากรขาเข้าที่ชำระไว้สำหรับวัตถุดิบนั้นตามระบบคืนอากรตามมาตรา 29 แห่งพระราชบัญญัติศุลกากร โดยต้องพิสูจน์ได้ว่าวัตถุดิบที่นำเข้าถูกใช้ในการผลิตสินค้าที่ส่งออกจริงตามสูตรการผลิตที่ได้รับอนุมัติจากกรมศุลกากร และต้องยื่นคำขอคืนอากรภายในระยะเวลาที่กำหนดนับแต่วันส่งออก หากไม่สามารถแสดงสูตรการผลิตหรือปริมาณการใช้วัตถุดิบต่อหน่วยสินค้าส่งออกได้ชัดเจน คำขอคืนอากรอาจถูกปฏิเสธ ธุรกิจที่ใช้สิทธินี้เป็นประจำจึงควรจัดทำระบบบันทึกการใช้วัตถุดิบแยกตามล็อตการผลิตและเก็บเอกสารเชื่อมโยงระหว่างใบขนสินค้าขาเข้าวัตถุดิบกับใบขนสินค้าขาออกสินค้าสำเร็จรูปให้ครบถ้วน

สินค้านำเข้าบางประเภทที่เข้าข่ายสินค้าที่ต้องเสียภาษีสรรพสามิตตามกฎหมาย เช่น เครื่องดื่มแอลกอฮอล์ ยาสูบ รถยนต์ หรือเครื่องใช้ไฟฟ้าบางชนิด ต้องเสียภาษีสรรพสามิตขาเข้าเพิ่มเติมจากอากรขาเข้าปกติ โดยกรมศุลกากรเป็นผู้จัดเก็บภาษีสรรพสามิตแทนกรมสรรพสามิตในขั้นตอนนำเข้า ฐานภาษีสรรพสามิตคำนวณจากราคาขายปลีกแนะนำหรือมูลค่าตามหลักเกณฑ์เฉพาะของแต่ละประเภทสินค้าซึ่งอาจไม่ใช่ฐานเดียวกับมูลค่าศุลกากรที่ใช้คำนวณอากร นอกจากนี้ยังมีภาษีมหาดไทยที่จัดเก็บเพิ่มบนฐานภาษีสรรพสามิตอีกชั้นหนึ่งสำหรับสินค้าบางประเภท ผู้นำเข้าสินค้าเหล่านี้จึงต้องคำนวณภาระภาษีทั้งสามชั้นคืออากรขาเข้า ภาษีสรรพสามิต และภาษีมหาดไทยแยกกันให้ครบก่อนกำหนดราคาขาย

แต่เดิมสินค้านำเข้าที่มีมูลค่าต่ำกว่าเกณฑ์ที่กำหนดได้รับยกเว้นทั้งอากรขาเข้าและภาษีมูลค่าเพิ่ม แต่ปัจจุบันกฎหมายได้ยกเลิกการยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่มสำหรับสินค้านำเข้ามูลค่าต่ำที่สั่งซื้อผ่านช่องทางออนไลน์แล้ว โดยกำหนดให้ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตั้งแต่บาทแรกไม่ว่ามูลค่าสินค้าจะต่ำเพียงใด เพื่อให้เกิดความเป็นธรรมกับผู้ประกอบการในประเทศที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มอยู่แล้ว ธุรกิจที่นำเข้าสินค้ามูลค่าต่ำจำนวนมากเพื่อขายต่อจึงไม่สามารถอาศัยข้อยกเว้นเดิมได้อีกต่อไป และต้องวางแผนต้นทุนภาษีมูลค่าเพิ่มขาเข้าไว้ในราคาขายให้ครบถ้วน ผู้ประกอบการที่นำเข้าสินค้าลักษณะนี้เป็นประจำควรตรวจสอบประกาศล่าสุดของกรมศุลกากรและกรมสรรพากรอย่างสม่ำเสมอ เพราะเกณฑ์และวิธีจัดเก็บในส่วนนี้มีการปรับปรุงต่อเนื่อง

ค่าลิขสิทธิ์หรือค่าสิทธิ์ที่ผู้นำเข้าจ่ายให้เจ้าของเครื่องหมายการค้าหรือสิทธิบัตรต่างประเทศต้องนำมารวมเป็นส่วนหนึ่งของมูลค่าศุลกากรหากการจ่ายค่าสิทธิ์นั้นเป็นเงื่อนไขของการซื้อขายสินค้าที่นำเข้า กล่าวคือผู้ซื้อไม่มีสิทธิซื้อสินค้าได้เลยหากไม่จ่ายค่าสิทธิ์ควบคู่กันไป ตามหลักเกณฑ์การประเมินราคาศุลกากรขององค์การการค้าโลกที่ไทยนำมาใช้ แต่หากค่าสิทธิ์เป็นการจ่ายเพื่อสิทธิในการทำการตลาดหรือใช้เครื่องหมายการค้าในประเทศไทยแยกต่างหากจากการซื้อขายสินค้า โดยไม่เป็นเงื่อนไขบังคับของการซื้อสินค้า ก็ไม่จำเป็นต้องนำมารวมในมูลค่าศุลกากร ผู้นำเข้าที่มีสัญญาลิขสิทธิ์กับเจ้าของแบรนด์ควรให้ผู้เชี่ยวชาญตรวจสอบข้อสัญญาอย่างละเอียดก่อนสำแดงราคาศุลกากร เพราะการตีความผิดอาจนำไปสู่การประเมินอากรและภาษีมูลค่าเพิ่มขาดย้อนหลังจำนวนมาก

สินค้าที่นำเข้ามาเก็บไว้ในคลังสินค้าทัณฑ์บนหรือเขตปลอดอากรยังไม่ถือว่าผ่านพิธีการนำเข้าเข้าสู่ตลาดในประเทศอย่างสมบูรณ์ จึงยังไม่ต้องชำระอากรขาเข้าและภาษีมูลค่าเพิ่มขาเข้าจนกว่าจะมีการนำสินค้าออกจากเขตดังกล่าวเพื่อใช้หรือจำหน่ายในประเทศจริง กิจการต้องบันทึกสินค้าที่อยู่ในเขตปลอดอากรเป็นสินค้าคงเหลือแยกประเภทจากสินค้าที่ผ่านพิธีการแล้ว พร้อมระบุสถานะทางภาษีที่ยังไม่ชำระให้ชัดเจนในหมายเหตุประกอบงบการเงิน หากสินค้าถูกส่งออกกลับจากเขตปลอดอากรโดยไม่เคยนำเข้าสู่ตลาดในประเทศเลย จะไม่มีภาระอากรและภาษีมูลค่าเพิ่มขาเข้าเกิดขึ้นเลย การบริหารสินค้าในเขตปลอดอากรจึงเป็นเครื่องมือบริหารกระแสเงินสดที่มีประโยชน์สำหรับธุรกิจที่มีทั้งลูกค้าในและต่างประเทศ

กิจการนำเข้าส่งออกที่มียอดลูกหนี้หรือเจ้าหนี้เป็นเงินตราต่างประเทศคงค้าง ณ วันสิ้นรอบระยะเวลาบัญชี ต้องแปลงค่าตามอัตราแลกเปลี่ยนอ้างอิง ณ วันสิ้นงวดตามมาตรฐานการบัญชี ทำให้เกิดผลกำไรหรือขาดทุนจากอัตราแลกเปลี่ยนที่ยังไม่เกิดขึ้นจริงเพราะยังไม่ได้รับหรือจ่ายเงินจริง ตามหลักเกณฑ์ของกรมสรรพากรกิจการมีสิทธิเลือกนำกำไรขาดทุนที่ยังไม่เกิดขึ้นจริงนี้มารวมคำนวณกำไรสุทธิเพื่อเสียภาษีเงินได้นิติบุคคลในรอบระยะเวลาบัญชีนั้นได้ทันที หรือจะเลือกรอรับรู้เมื่อรายการเกิดขึ้นจริงก็ได้ แต่เมื่อเลือกวิธีใดแล้วต้องใช้วิธีนั้นอย่างสม่ำเสมอในปีถัดไปเช่นกัน ไม่สามารถสลับไปมาระหว่างสองวิธีตามความต้องการลดหรือเพิ่มกำไรทางภาษีในแต่ละปีได้

การส่งตัวอย่างสินค้าให้ลูกค้าต่างประเทศโดยไม่คิดเงินยังต้องผ่านขั้นตอนพิธีการศุลกากรขาออกเช่นเดียวกับสินค้าที่ขายจริงตามปกติ เพียงแต่ในใบขนต้องระบุชัดว่าเป็นตัวอย่างสินค้าไม่มีมูลค่าทางการค้า พร้อมประเมินมูลค่าเพื่อวัตถุประสงค์ทางศุลกากรตามต้นทุนโดยประมาณ เนื่องจากไม่มีเงินรับจริงเกิดขึ้น จึงไม่มีฐานรายได้ที่จะนำมาคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่ม และธุรกิจก็ไม่อาจใช้สิทธิอัตราศูนย์แบบที่ใช้กับการส่งออกซึ่งมีรายได้ตามปกติได้ แต่ยังต้องพิจารณาว่ามูลค่าต้นทุนของตัวอย่างสินค้าที่ส่งไปนั้นนำมาคิดเป็นรายจ่ายทางการตลาดในการคำนวณภาษีเงินได้นิติบุคคลได้หรือไม่ และประเทศปลายทางอาจเรียกเก็บอากรขาเข้าจากผู้รับตัวอย่างตามกฎหมายภายในของประเทศนั้นแยกต่างหากจากภาระภาษีฝั่งไทย

การจ่ายเงินมัดจำล่วงหน้าให้ผู้ขายสินค้าต่างประเทศเพื่อซื้อสินค้าโดยทั่วไปเป็นการชำระค่าสินค้าไม่ใช่ค่าบริการ จึงไม่เข้าเกณฑ์ต้องหักภาษี ณ ที่จ่ายตามประมวลรัษฎากรเพราะเงินได้จากการขายสินค้าของผู้ขายต่างประเทศที่ไม่มีสถานประกอบการถาวรในไทยโดยทั่วไปไม่อยู่ในบังคับต้องหักภาษี ณ ที่จ่าย แต่หากสัญญาที่ทำร่วมกับผู้ขายต่างประเทศมีส่วนที่เป็นค่าบริการทางเทคนิค ค่าที่ปรึกษา หรือค่าสิทธิรวมอยู่ในเงินก้อนเดียวกัน ส่วนนั้นอาจเข้าเกณฑ์ต้องหักภาษีเงินได้นิติบุคคลตามมาตรา 70 ในอัตราที่กำหนดแยกต่างหากจากมูลค่าสินค้า ผู้นำเข้าจึงควรตรวจสอบสัญญาให้ชัดเจนว่าเงินที่จ่ายแต่ละรายการเป็นค่าสินค้าล้วนหรือมีส่วนของค่าบริการปนอยู่ด้วยก่อนโอนเงิน เพื่อไม่ให้พลาดการหักภาษีที่ต้องนำส่งตามกฎหมาย

เงินมัดจำที่ผู้นำเข้าจ่ายให้ผู้ขายต่างประเทศหรือสายเรือสำหรับภาชนะบรรจุหรือตู้คอนเทนเนอร์ที่มีข้อตกลงว่าจะได้รับคืนเมื่อส่งคืนภาชนะหรือตู้ในสภาพเรียบร้อยไม่ถือเป็นต้นทุนสินค้าหรือค่าใช้จ่าย แต่บันทึกเป็นสินทรัพย์ประเภทเงินมัดจำจ่ายรอเรียกคืน เมื่อส่งคืนภาชนะหรือตู้ได้ครบถ้วนตามกำหนดจึงตัดรายการสินทรัพย์นี้ออกพร้อมรับคืนเงินสด แต่หากไม่สามารถส่งคืนได้หรือภาชนะเสียหายจนถูกหักเงินมัดจำบางส่วน ส่วนที่ถูกหักไว้ให้บันทึกเป็นต้นทุนหรือค่าใช้จ่ายในงวดที่ทราบผลการหักจริง การแยกบัญชีเงินมัดจำเหล่านี้ให้ชัดเจนช่วยไม่ให้ปะปนกับต้นทุนสินค้าซึ่งอาจกระทบการตีราคาสินค้าคงเหลือให้สูงเกินจริง

ค่าใช้จ่ายในการรับรองลูกค้าต่างประเทศ เช่น ค่าอาหาร ค่าที่พัก หรือค่าเดินทางรับส่งระหว่างที่ลูกค้ามาตรวจเยี่ยมโรงงานก่อนตัดสินใจสั่งซื้อสินค้า ถือเป็นค่ารับรองตามประมวลรัษฎากรซึ่งภาษีมูลค่าเพิ่มที่เกิดจากค่าใช้จ่ายประเภทนี้ต้องห้ามไม่ให้นำมาเป็นภาษีซื้อในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่ม แม้จะเป็นค่าใช้จ่ายที่เกี่ยวข้องโดยตรงกับการหารายได้จากลูกค้าต่างประเทศรายนั้นก็ตาม อย่างไรก็ตามกิจการยังคงนำมูลค่าค่ารับรองรวมภาษีมูลค่าเพิ่มมาหักเป็นรายจ่ายในการคำนวณภาษีเงินได้นิติบุคคลได้ แต่ต้องไม่เกินอัตราร้อยละศูนย์จุดสามของยอดรายได้หรือทุนที่ชำระแล้วแล้วแต่จำนวนใดจะสูงกว่าตามเพดานที่กฎหมายกำหนด ธุรกิจนำเข้าส่งออกที่มีค่ารับรองลูกค้าต่างประเทศบ่อยครั้งจึงควรแยกบัญชีค่ารับรองไว้ต่างหากและติดตามยอดสะสมไม่ให้เกินเพดานที่หักได้

ใบกำกับภาษีที่ออกให้ลูกค้า ไม่ว่าลูกค้ารายนั้นจะอยู่ในประเทศหรือต่างประเทศ สามารถตั้งราคาสินค้าเป็นสกุลเงินต่างประเทศได้ตามที่ตกลงกันไว้ แต่กฎหมายบังคับให้ต้องแสดงจำนวนภาษีมูลค่าเพิ่มเป็นเงินบาทกำกับไว้เสมอ โดยแปลงจากสกุลเงินต่างประเทศเป็นบาทตามอัตราแลกเปลี่ยนอ้างอิงของธนาคารแห่งประเทศไทย ณ วันที่ความรับผิดในการเสียภาษีมูลค่าเพิ่มเกิดขึ้นจริง เช่น วันส่งมอบสินค้าหรือวันรับชำระเงิน แล้วแต่ว่าเหตุการณ์ใดเกิดก่อน สำหรับการส่งออกที่ใช้สิทธิ VAT อัตราศูนย์ แม้ยอดภาษีที่คำนวณได้จะเท่ากับศูนย์ ก็ยังต้องระบุอัตราแลกเปลี่ยนที่ใช้อ้างอิงไว้ในเอกสารประกอบด้วย เพื่อให้สอดคล้องกับยอดขายที่บันทึกในบัญชีและยอดที่ปรากฏในใบขนสินค้า

ลูกหนี้การค้าที่เป็นผู้ซื้อในต่างประเทศซึ่งไม่ชำระเงินตามกำหนดสามารถตัดเป็นหนี้สูญเพื่อหักเป็นรายจ่ายในการคำนวณภาษีเงินได้นิติบุคคลได้เช่นเดียวกับลูกหนี้ในประเทศ แต่ต้องปฏิบัติตามหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขที่กฎกระทรวงกำหนดว่าด้วยการจำหน่ายหนี้สูญ ซึ่งรวมถึงการติดตามทวงถามอย่างเหมาะสมตามพฤติการณ์ของหนี้ในต่างประเทศ เช่น การใช้บริการติดตามหนี้ระหว่างประเทศหรือดำเนินคดีในต่างประเทศหากมูลค่าหนี้สูงเพียงพอที่จะคุ้มค่าใช้จ่ายในการฟ้องร้อง เนื่องจากการฟ้องร้องลูกหนี้ต่างประเทศมีต้นทุนและความซับซ้อนทางกฎหมายสูงกว่าลูกหนี้ในประเทศ กิจการที่มีหนี้สูญมูลค่าไม่สูงมากอาจเข้าเกณฑ์ยกเว้นไม่ต้องฟ้องร้องหากมีหลักฐานการติดตามทวงถามตามสมควรแล้วยังไม่ได้รับชำระ ควรปรึกษาผู้ทำบัญชีเพื่อจัดเตรียมหลักฐานให้ครบตามหลักเกณฑ์ก่อนตัดบัญชี

สินค้าที่นำเข้าทางไปรษณีย์หรือพัสดุด่วนในปริมาณเล็กน้อยเพื่อใช้ส่วนตัวโดยไม่มีเจตนาจำหน่ายต่อจะได้รับการพิจารณาตามหลักเกณฑ์ของกรมศุลกากรว่าด้วยของใช้ส่วนตัว ซึ่งอาจได้รับยกเว้นอากรตามเกณฑ์มูลค่าที่กำหนดหากไม่เข้าลักษณะการนำเข้าเชิงพาณิชย์ แต่หากผู้นำเข้าเป็นเจ้าของกิจการซื้อขายสินค้าและนำเข้าสินค้าลักษณะเดียวกันซ้ำหลายครั้งด้วยปริมาณและความถี่ที่บ่งชี้เจตนาทางการค้า กรมศุลกากรมีสิทธิพิจารณาว่าเป็นการนำเข้าเชิงพาณิชย์และเรียกเก็บอากรกับภาษีมูลค่าเพิ่มเต็มจำนวนแม้แต่ละครั้งจะมีมูลค่าต่ำก็ตาม ผู้ประกอบการที่มีธุรกิจนำเข้าสินค้าควรหลีกเลี่ยงการใช้ช่องทางพัสดุไปรษณีย์ส่วนบุคคลเพื่อนำเข้าสินค้าสำหรับขายต่อ เพราะนอกจากเสี่ยงถูกประเมินภาษีย้อนหลังแล้วยังไม่มีใบขนสินค้าที่ใช้เป็นหลักฐานภาษีซื้อได้อย่างถูกต้อง