พิธีการศุลกากรและการยื่นใบขนสินค้าที่ด่านแม่สอด
การส่งสินค้าผ่านด่านแม่สอดต้องยื่นใบขนสินค้าขาออกผ่านระบบศุลกากรอิเล็กทรอนิกส์ พร้อมแนบใบกำกับสินค้า บัญชีราคาสินค้า และเอกสารแสดงแหล่งกำเนิดสินค้าหากต้องการใช้สิทธิพิเศษทางภาษีภายใต้ความตกลงการค้าเสรีอาเซียน ผู้ส่งออกรายใหม่ที่ยังไม่คุ้นเคยกับพิกัดศุลกากรมักเสียเวลาแก้ไขใบขนเพราะระบุพิกัดสินค้าผิดประเภท ซึ่งส่งผลต่ออัตราอากรและระยะเวลาปล่อยสินค้า
สินค้าบางประเภทที่ข้ามแดนไปเมียวดีต้องผ่านการตรวจสอบเพิ่มเติมจากหน่วยงานควบคุมเฉพาะ เช่น สินค้าเกษตรต้องมีใบรับรองสุขอนามัยพืชจากกรมวิชาการเกษตร และสินค้าที่เข้าข่ายวัตถุอันตรายต้องขออนุญาตนำผ่านล่วงหน้า ผู้ประกอบการที่ไม่เตรียมเอกสารเหล่านี้ล่วงหน้ามักพบว่ารถบรรทุกต้องจอดรอที่หน้าด่านหลายวันจนกว่าเอกสารจะครบ
สำหรับกิจการที่นำเข้าวัตถุดิบมาผลิตแล้วส่งออกกลับ ต้องพิจารณาสิทธิการขอคืนอากรตามมาตราว่าด้วยการคืนอากรสำหรับของที่นำเข้ามาผลิตเพื่อส่งออก ซึ่งต้องเก็บบันทึกการใช้วัตถุดิบแยกตามล็อตการผลิตอย่างละเอียด หากบัญชีวัตถุดิบไม่สอดคล้องกับปริมาณสินค้าที่ส่งออกจริง กรมศุลกากรมีสิทธิเรียกเก็บอากรที่เคยได้รับคืนพร้อมเงินเพิ่ม
