พิธีการศุลกากรสำหรับสินค้าผ่านแดนบนเส้นทาง East-West
สินค้าที่ขนส่งจากไทยผ่านมุกดาหารไปยังสะหวันนะเขตแล้วเดินทางต่อไปเวียดนามหรือจีนตอนใต้ต้องยื่นบัญชีสินค้าผ่านแดนผ่านระบบศุลกากรอิเล็กทรอนิกส์ควบคู่กับหนังสือรับรองแหล่งกำเนิดสินค้าหากต้องการใช้สิทธิพิเศษทางภาษีตามความตกลงการค้าเสรีอาเซียนกับจีนหรือกรอบความร่วมมืออนุภูมิภาคลุ่มน้ำโขง ผู้ประกอบการที่ยังไม่คุ้นเคยกับการขนส่งข้ามสามประเทศมักละเลยขั้นตอนการวางหนังสือค้ำประกันอากรสำหรับสินค้าที่ยังไม่ผ่านพิธีการปลายทาง ทำให้รถบรรทุกถูกกักไว้ที่ด่านจนกว่าจะแก้ไขเอกสารครบ
การขนส่งสินค้าประเภทวัตถุอันตรายหรือสินค้าเกษตรที่มีความเสี่ยงด้านโรคพืชต้องขออนุญาตนำผ่านล่วงหน้าจากหน่วยงานควบคุมเฉพาะก่อนยื่นใบขนสินค้าที่ด่านศุลกากรมุกดาหาร เอกสารเหล่านี้ต้องสอดคล้องกับรายการสินค้าที่ระบุในบัญชีขนส่งผ่านแดนของฝ่ายลาวด้วย เพราะความไม่ตรงกันของรายการมักเป็นสาเหตุให้สินค้าถูกเปิดตรวจซ้ำที่ด่านฝั่งสะหวันนะเขต
กิจการที่ตั้งคลังสินค้าเพื่อพักสินค้าระหว่างรอส่งต่อควรพิจารณาขอจัดตั้งเป็นคลังสินค้าทัณฑ์บนตามกฎหมายศุลกากร ซึ่งช่วยเลื่อนภาระอากรออกไปจนกว่าสินค้าจะถูกนำออกจากคลังจริง แต่ต้องเก็บบันทึกการรับเข้าและนำออกของสินค้าแยกตามล็อตอย่างละเอียด หากบัญชีคลังไม่ตรงกับสต็อกจริงเมื่อเจ้าหน้าที่ตรวจนับ กรมศุลกากรมีสิทธิเรียกเก็บอากรทั้งจำนวนพร้อมเงินเพิ่มราวกับสินค้านั้นถูกนำเข้ามาโดยสมบูรณ์แล้ว
ผู้ประกอบการที่ทำหน้าที่เป็นตัวแทนออกของให้ลูกค้าจากประเทศที่สามซึ่งใช้มุกดาหารเป็นเพียงจุดผ่านต้องระวังการรับผิดร่วมในความผิดฐานสำแดงเท็จ หากลูกค้าให้ข้อมูลราคาหรือปริมาณสินค้าที่ไม่ตรงความจริง เพราะกฎหมายศุลกากรถือว่าตัวแทนมีหน้าที่ตรวจสอบความถูกต้องของเอกสารก่อนยื่นในนามของตนด้วย
