1. กระทบยอด ภ.ง.ด. 50 กับงบการเงินทีละบรรทัด
แบบ ภ.ง.ด. 50 ที่ยื่นแล้วควรกระทบยอดกลับไปหางบกำไรขาดทุนและงบแสดงฐานะการเงินได้ทุกบรรทัด ไม่ใช่แค่ยอดกำไรสุทธิรวม จุดที่มักคลาดเคลื่อนคือรายการปรับปรุงกำไรทางบัญชีเป็นกำไรทางภาษี เช่น ค่าเสื่อมราคาที่คำนวณคนละอัตรากับที่สรรพากรกำหนด สำรองหนี้สงสัยจะสูญที่ตั้งไว้เกินเกณฑ์ที่กฎหมายยอมรับ และรายจ่ายต้องห้ามตามมาตรา 65 ตรี ที่บางกิจการลืมบวกกลับในแบบแสดงรายการ เมื่อกระทบยอดแล้วพบว่ายอดในแบบกับยอดในสมุดบัญชีไม่เท่ากันโดยไม่มีกระดาษทำการอธิบาย นั่นคือสัญญาณแรกที่ผู้ตรวจสอบภาษีมักหยิบขึ้นมาถามก่อนเรื่องอื่น
อีกจุดที่ต้องกระทบยอดคือรายได้ที่ได้รับยกเว้นภาษีหรือรายได้ที่เสียภาษีในอัตราพิเศษ เช่น เงินปันผลที่ได้รับยกเว้นตามเงื่อนไขการถือหุ้น ดอกเบี้ยจากเงินฝากที่ถูกหักภาษี ณ ที่จ่ายไปแล้ว และรายได้จากการส่งเสริมการลงทุนที่ต้องแยกบัญชีตามกิจการที่ได้รับสิทธิและกิจการที่ไม่ได้รับสิทธิ กิจการที่มีทั้งรายได้ปกติและรายได้ที่ได้รับส่งเสริมในนิติบุคคลเดียวกันมักปะปนต้นทุนร่วมโดยไม่มีเกณฑ์การปันส่วนที่เขียนไว้เป็นลายลักษณ์อักษร ทำให้เมื่อถูกขอเอกสารจริงไม่สามารถอธิบายที่มาของสัดส่วนได้ การตรวจสุขภาพภาษีจึงต้องไล่ดูเกณฑ์การปันส่วนต้นทุนควบคู่ไปกับตัวเลขในแบบเสมอ
ประเด็นสุดท้ายในหมวดนี้คือรายการปรับปรุงย้อนหลัง เช่น การแก้ไขงบการเงินหลังยื่นแบบไปแล้ว หรือการพบว่าค่าใช้จ่ายบางรายการบันทึกซ้ำหรือบันทึกผิดปี กรณีเหล่านี้ถ้าปล่อยไว้โดยไม่แก้ไขจะสะสมเป็นความเสี่ยงหลายปีต่อเนื่องกัน เพราะฐานกำไรสะสมที่ผิดจะไหลต่อไปยังปีถัดไปเรื่อย ๆ การตรวจสุขภาพภาษีที่ดีจึงไม่ได้ดูเฉพาะปีล่าสุด แต่ไล่ย้อนอย่างน้อยสามปีเพื่อดูว่าความคลาดเคลื่อนเป็นเรื่องเฉพาะปีหรือเป็นรูปแบบที่เกิดซ้ำ


